Bueno, pues me respondo yo mismo, porque he encontrado una solución. Lo pongo por si a alguien más le pasa este problema.
Resulta que el DiskInternals no leía bien la partición recalbox/share, así que lo que he hecho es arrancar el ordenador con un sistema Linux con un Live CD (en este caso Ubuntu) y al meter la tarjeta me la reconoció a la primera y ahí estaban todos los archivos. Así que pude hacer una copia en otro disco externo y ya puedo formatear y reinstalar Recalbox sin problema.

@paradadf Acabo de probar a recuperarlo con DiskInternals Linux Reader, pero la partición /recalbox/share me aparece vacía. Esto pinta bastante mal ¿Se os ocurre alguna otra solución antes de formatear y reinstalar?

Hola,
He intentado actualizar mi Recalbox a la versión 18.02 pero cuando iba descargando al 98% se ha quedado bloqueado, no respondía a nada y tuve que optar por desenchufarlo.
Al intentar arrancarla de nuevo no carga nada, la pantalla se queda negra, la luz roja de la Raspberry encendida fija y no hace nada.
¿Qué puedo hacer? ¿Hay alguna forma de recuperar la instalación anterior sin perder los datos que tenía? O al menos de recuperar los juegos, ya que los tenía todos con sus imágenes y tal y no me gustaría tener que volver a hacerlo de nuevo. ¿Qué me recomendáis? Gracias.

¿Se puede cambiar el orden en el que aparecen los distintos sistemas en la pantalla principal? La idea sería ponerlos por orden de antigüedad, en lugar del orden alfabético que sale por defecto.
Gracias.

¿Es posible separar las consolas Turbografx y PC-Engine? En versiones antiguas de recalbox venían separadas, pero ahora no veo la manera de hacerlo

@paradadf Bueno, pues me respondo a mí mismo. Resulta que revisando los archivos los que había descargado tenían el nombre bien, pero la extensión en mayúsculas. No lo detecté porque en mi Windows tenía ocultas las extensiones de los archivos. Lo he cambiado poniendo la extensión en minúsculas y ya he podido subirlos.
De todas formas gracias por la inspiración y disculpad las molestias.

@paradadf Si, los nombres son correctos también teniendo en cuenta mayúsculas.

Hola,
Tengo un problema al intentar copiar a mi recalbox las BIOS necesarias para los sistemas que no vienen instaladas (Odyssey, Atari7800, etc). He probado a subir los archivos de dos maneras:

• Primero probé con el instalador sencillo que aparece al acceder a la IP desde un navegador web. Al seleccionar el archivo a copiar empieza a subirlo pero da error a la mitad y aparece una X sobre el mismo.
• Después he probado copiando directamente el archivo en la carpeta "bios" accediendo a ella desde la red local. De esta manera el archivo se copia, pero los juegos no funcionan ni aparece entre las bios instaladas.
  Por supuesto, he comprobado que sean los archivos correctos, con los nombres que se indican y probado que tienen el mismo código MD5 de los recomendados.
  He buscado en el foro y no he encontrado nada al respecto, espero que me podáis dar alguna posible solución.
  La versión que tengo es Recalbox 4.0.2, en una Raspberry Pi 3, en una tarjeta de 32 Gb y conectada a la red con el cable ethernet. Todo funciona bien excepto esto.
  ¿Alguna idea? Gracias!