@Pepe Hola de nuevo y gracias por responder.
Ayer llegué a la misma conclusión que me comentas: los valores que se muestran en el putty son por defecto, que desde el putty no puede o no debe edita**e. También estuve buscando por internet y encontré la misma solución que me aconsejas. Hice copia de seguridad del archivo .ini, me descargué el notepad++ y edité el 'InputAutoCfg.ini'.
Para saber la configuración correspondiente a los botones de mi mando lo hice desde el mismo Windows, conectando mi mando y accediendo desde el adm de dispositivos. Estuve probando varias configuraciones aunque todavía no he dado con la que se ajusta perfectamente a lo que quiero.
He observado que dependiendo de la rom cambian los controles y partiendo de los mapeados que hice en algunas roms se hace complicado y nada cómodo así que seguiré probando. El problema es que como no conozco el funcionamiento del mando del n64 no sé como debería mapear correctamente los botones en el mío. Lo que pretendo es asociar en mi mando el stick derecho a la vista de cámara y el stick izquierdo a la dirección pero tal vez sea imposible porque pienso que en el mando del n64, el único stick que tiene, hace las 2 funciones... no sé.
Voy a probar lo que me aconsejas, hacerlo con el jstest desde putty ya que los valores de ambos sticks, desde los ajustes del adm de dispositivos de Windows tal y como lo hice, no me aparecen. Por lo que he deducido de momento, así los tengo mapeados:
X Axis = axis(3+)
Y Axis = axis(2-)
DPad D = hat(0 Down)
DPad L = hat(0 Left)
DPad R = hat(0 Right)
DPad U = hat(0 Up)