Bonjour,
je suppose que tu as utilisé un scraper comme UXS, dont l'une des options de ne faire apparaître que le nom du jeu, sans son suffixe (qui te donne sa version, sa région, etc...). Y a donc des chances que les noms que tu vois en plusieurs exemplaires correspondent non pas à la même rom mais à différentes versions du même jeu, toutes présentes dans le romset que tu as copié dans ton dossier de roms.
Pour éviter ça, il te suffit de trier tes roms pour ne garder que les versions que tu souhaites (seulement les clones, ou les parents par exemple). Soit tu le fais à la main (très long), ou alors tu utilises de fabuleux softs comme clrmamepro, tout est expliqué simplement par @acris sur ce magnifique site.