@macepincha09 ¿Ha intentado hacer un restablecimiento de fábrica?
Presione START para abrir el menú principal de EmulationStation, vaya a "OPCIONES AVANZADAS" y encontrará la opción "RESTABLECER AJUSTES DE FÁBRICA".
No perderá ningún archivo personal, pero perderá todas las configuraciones personalizadas.

¿Alguna vez ha intentado reasignar los botones del mando?

¿Ya lo ha probado con otro mando?