@bastien erstmal, 4.1 ist eine uralte Version. Entweder die korrekte Version angeben oder die allerletzte Version installieren.

Zu deinem Problem... es könnte sein, dass es Korrektionen beim Emulator gab, dass die Kompatibilität mit alten Saves gebrochen hat. Normalerweise passiert das, wenn irgendwas nicht richtig emuliert war. Es könnte auch sein, dass sich die Nennung der Saves geändert hat. Versuch mit dem Emulator ein Savestate zu erstellen und vergleiche die Dateinamen. Gegebenenfalls ändert die alte Savestate und versuche sie neuzuladen.
Ansonsten kannst du meines Wissens nichts tun.