@jotapexd Não é possível apenas atualizar partindo de versões tão antigas quanto a sua, você precisa fazer o backup do que você deseja manter, e instalar a última versão oficial. Já há uma confirmação de que a próxima atualização também será necessário fazer desta forma (e acredita-se que a partir daí será possível atualizar o sistema sem a necessidade de formatar), mas não há uma data para lançamento da próxima versão. As ROMs, as BIOS e os saves ficam todos na partição SHARE, mas eu costumo fazer o backup da imagem completa, pesquise aqui no fórum e encontrará outros posts sobre atualizar o sistema, e para gravar o Recalbox no cartão SD (já que você tem um RPi3), é só fazer como você fez originalmente, mas há muitos vídeos no YouTube que explicam como fazer