Bon en fait il y a fausse route depuis le début.
Pour teste j'ai viré ce retroarc.cfg que j'avais mis dans /recalbox/share/roms/
après ça j'ai retrouvé toutes mes saves.
Et ma conf de retroarch est réstée inchangée.
Donc je fait fausse route depuis le début. Je ne sais pas ce qui à la base à réinitialisé ma retroarch la première fois mais ce n'était probablement pas lié à la mise à jour.