J'ai testé.
J'ai copié .conf global et le placer dans le folder du jeu en le renommant .cfg
J'ai tout enlevé mis à part les lignes qui m'intéressaient, à savoir:
core, cputype, mapperfile et keyboardlayout.

Le jeu se lance mais la config globale n'est pas chargée.
Donc plus de fullscreen, ...

J'ai ensuite laissé le fichier de config dans son ensemble et j'ai modifié les lignes qui m'intéressent.

J'ai aussi placé les lignes dans mon fichier dosbox.bat. Cela fonctionne aussi.

Encore merci pour votre aide.