SOLUCIONADO con la ayuda de @Zing (MUITO OBRIGADO!) y mirando este tutorial (en francés):

https://www.youtube.com/watch?v=QylW0j3hfGk

Efectivamente tenia que borrar el archivo .cfg dentro de la carpeta del core en cuestión, situado dentro de share/system/.config/retroarch/config/

Muchas gracias a todos :D