La instalación es desatendida ( creo que se llama asi ) ya que va todo incluido en la imagen, en cualquier caso y lo que yo hago es que entro en la carpeta que contiene cada emulador, de memoria creo recordar que es "\recalbox\share\roms" y puedes o bien eliminar las de aquellos emuladores que no vayas a usar o bien simplemente borrar las roms existentes por defecto en esas carpetas ( emulstation solo mostrara como sistemas aquellos que tengan al menos una rom )

Espero haberte podido ayudar