@claudio-miranda Que bom que conseguiu e postou aqui para caso mais alguém tenha a mesma dúvida!
Hum... você está fazendo isso só para o Mega Drive, ou para todos consoles? Pois, é possível criar uma configuração específica por core (núcleo de emulação), e essa não é substituída ao reiniciar o Recalbox. você consegue salvar essa configuração por núcleo dentro do menu do retroarch, a opção "Save core overrides".
Essa é a configuração recomendada, não modifica drasticamente o sistema.
MAS, existe uma solução para estes arquivos que são criados automaticamente pelo sistema: modifica-los "direto na fonte".
Esses arquivos não surgem do nada, eles são automaticamente copiados da partição RECALBOX\recalbox\share_init, para a partição SHARE, sempre que o sistema perceber que eles estão ausentes, ou modificados. Sabendo disso, se você modificar o arquivo original, deixando da forma que você quer, quando reiniciar o sistema, ele será copiado da forma que você quer que ele esteja. Isso não é recomendado por 2 motivos: primeiro que se você modificar algo errado não haverá backup, segundo que se você atualizar o sistema, suas modificações serão perdidas.
