@helvecio Desculpe, mas não lembro de nenhuma pasta assets, não entendo do que você está falando, só me lembro de pasta assets em alguns temas, mas, indiferente disso, se você só modificou em alguma configuração, você não moveu a pasta, então bastaria você olhar no explorer o caminho da pasta...

@claudio-miranda Que bom que conseguiu e postou aqui para caso mais alguém tenha a mesma dúvida!

Hum... você está fazendo isso só para o Mega Drive, ou para todos consoles? Pois, é possível criar uma configuração específica por core (núcleo de emulação), e essa não é substituída ao reiniciar o Recalbox. você consegue salvar essa configuração por núcleo dentro do menu do retroarch, a opção "Save core overrides".
Essa é a configuração recomendada, não modifica drasticamente o sistema.

MAS, existe uma solução para estes arquivos que são criados automaticamente pelo sistema: modifica-los "direto na fonte".

Esses arquivos não surgem do nada, eles são automaticamente copiados da partição RECALBOX\recalbox\share_init, para a partição SHARE, sempre que o sistema perceber que eles estão ausentes, ou modificados. Sabendo disso, se você modificar o arquivo original, deixando da forma que você quer, quando reiniciar o sistema, ele será copiado da forma que você quer que ele esteja. Isso não é recomendado por 2 motivos: primeiro que se você modificar algo errado não haverá backup, segundo que se você atualizar o sistema, suas modificações serão perdidas.