Só pra deixar claro, você já tentou adicionar uma ROM sem fazer o Scrape primeiro então?
Se não, transfere uma ROM para teste, só a ROM, e veja o que acontece.

Sim tentei e o problema ocorreu. Tentei apenas copiar uma ROM.

Você consegue ver o tamanho da partição SHARE antes e depois de você transferir uma ROM?
Você consegue ver no Recalbox antes e depois de transferir uma ROM, qual o tipo de armazenamento externo selecionado?
Você tem um outro cartão SD para testar? Ou, tem um pendrive, e, consegue colocar ele no Rpi e escolher ele como armazenamento externo, e testar?

Tenho um pendrive e posso tentar testar usando ele (vi que tem como usar as ROMs separadas do sd). Mas já estou procurando um segundo sd para comprar de qualquer jeito.

Quando você transfere a ROM, e reinicia, as outras configurações permanecem? Exemplo: Acabando de instalar o Recalbox, mudando o idioma para português, adicionando uma ROM e reiniciando, o Recalbox continua em Português? Se não, o problema está na partição SHARE como um todo, não na ROM nem na transferência em si.

Sim elas continuam, apenas some o "Super Nintendo Entertainment System" que some do menu.
Mas como vi que tem como usar as ROMs externas, vou tentar fazer isso e ver se o erro não ocorre.

Alias, nos seus testes, já que você já reinstalou mais de uma vez, você já tentou não alterar nenhuma configuração e, a primeira coisa a testar ser transferir 1 ROM? Se você copiar seus arquivos antes, pode ser algum arquivo de configuração que você está copiando, se você modificar algo antes, pode ser algum conflito, temos que tentar descartar todas as hipóteses...

Sim testei apenas uma ROM e o mesmo erro ocorreu.

Vou tentar fazer isso:
https://www.reddit.com/r/recalbox/comments/5ptve1/storing_roms_on_external_hard_drive_to_use_with/

@Zing, Assim que fiz, que testar isso eu aviso se funcinou. Também vou pegar um sd diferente e se funcionar aviso aqui.

@MuriloFene Se o skrapper não funcionar para voce também, acredito que seja uma bota também tentar testar em outro sd.

Att.