@makination No uso Overlay, así que no estoy seguro, pero, leyendo el wiki en el enlace:
https://github.com/recalbox/recalbox-os/wiki/Retroarch-setup-overlays-(EN)
Entiendo que es posible escalonar el overlay cuando leo:
input_overlay_scale = 1.000000
custom_viewport_width = "992"
custom_viewport_height = "720"
aspect_ratio_index = "22"
Busque mejor sobre estas configuraciones, parece ser posible.

Además, las configuraciones que modifica para 1 juego, por definición, podrían ser guardadas en "Save core overrides", que salvaría esta configuración para todos los juegos de ese núcleo, no sólo para el juego modificado.