Je m'auto réponds pour ceux qui chercheraient la reponse.
J'ai édité le fichier InputAutoCfg.ini avec les boutons de la 8bitdo NES30 en plus de ceux de la N64 Qumox. Je ne sais pas si ça fontionne. Mais j'ai ensuite remarqué que dans le fichier mupen64plus.cfg, les commandes étaient dupliquées. J'ai alors édité la zone concernée (numéro de la manette). Et ca a marché.

Concernant la combinaison bouton Z + C haut, j'ai remarque toujours dans mupen64.cfg qu'il y a les configurations spéciales des actions de l'émulateur. J'ai alors supprimé ce qui m'emmerdait, en particulier le retour sur la sauvegarde précédente.

Voila!
Laurent