Verdict :
Il s'avère que finalement j'avais copié le dossier complet sur la carte SD et non mis les fichiers à la racine (nuance subtile mais importante donc) !
J'ai un peu galéré au début mais ça a bien booté !
J'ai réussi en galérant également (mais réussi quand même) à installer le script de safe shutdown sur le Pi3 et donc ma Nespi Case Plus marche nickel via le bouton !
Bref le thread n'aura donc pas servi à grand chose, mais si d'autres ont des soucis similaires ça pourra aider