Boa noite !
é simples !
passei pelo mesmo problema !
Conecte um teclado comum,entre no retroarch, vá em opções, e procure a opção "imput interface".
lá haverá 3 opções: retropad , keyboard e simultaneous , marque a ultima opção, volte para o mame e aperte "tab" no teclado , entre nas opções a seguir e marque no teclado apenas o botão de c ontrole de mame ( geralmente deixo marcado apenas o tab)
espero ter ajudado 
