Désolé si je remonte le sujet, mais si cela peut aider par la suite...
J'avais exactement le même problème que @pequatre avec le même encodeur.
Raspberry monter dans une X-Arcade
text alternatif
avec un XCSOURCE Encodeur USB Manette Arcade PC Zéro (le même modèle et pourtant pas le même nom)
https://www.amazon.fr/XCSOURCE-Encodeur-Manette-Arcade-AC425/dp/B01IQTN1NO
Quand vous installez ce modèle sur votre Raspberry, ne branchez QUE le premier joueur, faite votre configuration puis quittez Recalbox (proprement...)
Branchez enfin le deuxième joueur et rallumez votre Raspberry.
C'est bon: pas d'inversion de joueur, la hotkey fonctionne, aucun bug dans les jeux (même sous Amiberry !) Bref, que du bonheur !