Bon apparemment ça se bouscule pas trop pour aider ici... M'enfin bon...
Je vais quand même répondre pour ceux qui voudraient avoir un rendu de scanlines propre comme mentionné ci-dessus et qui rencontreraient la même galère.
Je vous conseille d'utiliser le shader "interlacing" (dans "shaders" => "misc") seul en désactivant le lissage + square pixel et integrer scale. (pour cette dernière option c'est au choix selon les gouts ^^)
J'ai réussit pour ma part sur une installation de recalbox "fraîche" à sauvegarder ce paramètre via l'option "save override core" dans le quick menu. (j'avais pourtant essayé plusieurs fois auparavant sans succès... Va comprendre....)
Bonne journée !