@Pokenorio Boa noite, entrei a pouco tempo no fórum, mas já quebrei bastante a cabeça com o Recalbox, pela quantidade de pinos o seu RP é um modelo anterior ao B+, pois vc disse que ele tem apenas 26 pinos na GPIO, correto? Nesses modelos só há a possibilidade de configurar 1 player somente.
Na imagem abaixo tem a pinagem correta e no link as configurações (em inglês) se houver algo que posso ajudar, é só chamar. Espero ter ajudado!

https://raw.githubusercontent.com/recalbox/mk_arcade_joystick_rpi/master/wiki/images/mk_joystick_arcade_GPIOs.png