Je viens de refaire la manip et ça fonctionne O_O 
Si cela peu en aider d'autres : j'étais sur "stockage interne", j'ai basculé le stockage sur ma clé USB. Après reboot SSID et pwd OK mais tjs pas de WiFi. J'ai ressaisi SSID et pwd et j'ai reboot. Après reboot j'ai retrouvé mon WiFi.
C'est un peu tordu mais ça fonctionne ^^ Merci pour ton aide @acris 
@acris je vais refaire le test mais de mémoire ça n'a rien changé : quand j'ai basculé sur ma clé USB mon SSID était OK mais mon mdp avait été comme réencodé. J'ai ressaisi mon mdp mais je n'ai pas retrouvé mon WiFi pour autant.
Quand je suis sur ma clé USB, si je rebascule sur "internal" je récupère mon WiFi sans avoir à le reconfigurer. Si ensuite je rebascule sur ma clé USB SSID et pwd sont corrects mais je n'ai plus de connexion...
Je vais refaire le test ce matin, ça ne coûte rien Merci pour ton retour.
Hello world,
J'ai un petit souci avec le WiFi : tout fonctionne parfaitement quand je vais chercher les roms sur la micro SD par contre quand je bascule sur une clé USB, je n'ai plus de WiFi... (si je rebascule sur le stockage interne je récupère le WiFi...)
J'ai d'abord cru que c'était lié au nb de roms présentes sur ma clé USB : le scan des roms au démarrage prenant du temps je me suis dit que le WiFi n'avait peut-être pas le temps de s'initialiser. J'ai testé avec moins de roms mais le pb persiste.
Plutôt que de sélectionner ma clé USB j'ai testé le mode "anyexternal" mais ça n'a malheureusement rien changé...
Si vous avez des idées, je suis preneur THX !
Si nécessaire, voici ma conf : RPI3 // MicroSD : SanDisk Extreme 32 GB // BT : RPI3 // WIFI : RPI3 // Stockage : Lexar JumpDrive 64 GB // Clavier : Logitech K400 Plus // Alim : Aukuru 5v 2000mA // Manettes : Dualshock 3 // Recalbox 4.1.0-master-rpi3-2017-04-27-11-56-31-15156468
D'avance merci pour votre aide
ps : le WiFi avec la clé USB a fonctionné un moment car j'ai réussi à scraper qques roms. C'est tombé en rade soudainement.