A veces da problemas. A mi me costo que agarrara el sistema unas cuantas grabaciones. Insiste cambiando de tarjeta SD por si ese es el problema, pero te acabara arrancando.
En cuanto a arrancar desde USB tienes que modificar en el archivo cmdline.txt la linea:
dev=/dev/mmcblk0p1
por
dev=/dev/sda1
Con esto arrancas desde USB sin tener la SD.
