Muchas gracias por contestar, actualicé a la versión 7.0 y tuve el mismo problema, pero conseguí resolverlo.
Lo pongo por aquí por si alguien con el mismo problema lee este post, lo he solucionado modificando el archivo .cfg de cada overlay/emulador.
Normalmente en el archivo .cfg poniendo el valor:
aspect_ratio_index = 22
El cual corresponde a "core provided", se suele ajustar al marco bien.
En el caso que no se ajuste bien o queramos ajustarlo a la perfección debemos poner:
aspect_ratio_index = 23
El cual corresponde a "custom", y modificar los valores de posición de pantalla a nuestro gusto, ejemplo:
custom_viewport_x = "251"
custom_viewport_y = "10"
custom_viewport_width = "1415"
custom_viewport_height = "1060"
Los 2 primeros serian la posicion de la pantalla y los 2 segundos el tamaño.
Un saludo y gracias.