Algunos ya sabreis la solucion, pero asi aporto mi granito de arena.
Hay varios juegos como Mario RPG, y algun otro que no arrancan por que dicen que tienes puesta la pistola o el multitap.
Aqui os dejo la soluciona a esto 
Por defecto Recalbox tiene asignado al player 2 un multitap.
Menu retroarch > hotkey+b settings > configuration > save configuration on exit > on be careful, any change in retroarch be supported use per-game core option > on load remap files automatically > on quick menu > core input options > user 2 device type > multitap to joypad save game remap file hotkey + b to exit hotkey+start > to exit reload game.
Poniendo esas opciones ya no tendrĂ¡s ese problema.
Saludos!
