Amigo passei pelo mesmo problema, estava desesperado já mas conseguir sacar o problema e consegui resolver, vc tem que deixar no mesmo padrão ambos os controles, ou seja, ligar os cabos que vai nos botões na mesma ordem no player 1 e no player 2 na plaquinha zero deley, isso serve para os controles tbm (alavanca) tem que estarem com o conector para mesma direção (plug do cabo no controle de ambos para direita > > por exemplo). Se tiver algum botão invertido ou não esteja para o mesmo lado o plug do controle, quando configurar o controle invertido vai desconfigurar o outro e vise e versa. Isso com certeza é um bug do sistema pois entendo que deveria ser independente uma coisa da outra mas dependendo como foi feito e configurado o sistema da nisso mesmo kkk.