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Da quello che ho capito, sai già come cambiare i controlli di gioco, ma non sei in grado di salvare questa impostazione solo per questo gioco, giusto?
Per cambiare solo in una ROM, premi hotkey + b, cambia i comandi come preferisci, e dopo di ciò, torna al "Main Menu", vai a "Quick Menu" di Retroarch e scegli l'opzione "Save game overrides", questo salverà solo in questa ROM in questione, qualsiasi modifica tu abbia fatto, non solo i controlli.
Se selezioni "Save core overrides", salverà le impostazioni su tutte le ROM che usano questo core (nucleo di emulazione), quindi fai attenzione a non cambiare nulla che non vuoi.

Original

I understand that you already know how to change the game controls, but you are not able to save this setting just for this game, correct?
To change only in a ROM, press hotkey + b, change the controls as you wish, and after that, go back to the "Main menu" of Retroarch, go to "quick menu", and choose "Save game overrides" this will only save this ROM in question, any changes you made, not just the controls.
If you select "Save core overrides," it will save the settings to all ROMs that use this core, so be careful not to modify anything problematic.