No, tranquillo, non fai nessun danno.
Al limite fai la modifica inversa per ripristinare il boot da sd.
Batocera la avvii da sd o da hd?
Anche per Batocera vale la stessa cosa. (cosi come per altri sistemi su pi3b)
Se vuoi fare una prova veloce, basta che metti la sd in un lettore usb e lo colleghi a una delle porte del Pi3.
Con la configurazione originale non partira', mentre con sda1 o sda2 ti fara' il boot. (impiegando qualche secondo in piu')
P.S. ho appena fatto una prova su una immagine di batocera su una sd nel lettore usb...
Stranamente mi si avvia mettendo sda1, mentre recalbox si avvia con sda2 .
A questo punto, presumo che non sia dovuto alla versione del Pi3, ma alla versione del kernel.