Ok donc après investigations et moulte reboots, j'ai trouvé cette solution :
1- Modifier le fichier "recalbox.conf" afin d'y ajouter la ligne :
dreamcast.configfile=dummy
2- Ajouter le fichier de configuration "maping" correspondant à votre pad (cf mappings dans le lien ci-dessous) dans le dossier /recalbox/share/system/configs/reicast
3- Modifier le fichier /recalbox/share/system/configs/reicast/emu.cfg
de façon à ce que evdev_mapping_1 (1er contrôleur) et evdev_mapping_2 (2ème contrôleur) soient égaux au fichier ajouté à l'étape 2
Attention, les index des contrôleurs evdev_device_id_1 et evdev_device_id_2 sont importants et ne correspondent pas à ceux constatés dans l'interface d'Emulstation.
Lien de téléchargement du fichier emu.cfg et des différents mapings :
https://drive.google.com/open?id=0B3f_6A9A9W5teFRjcHM5SVFjRTQ