@Terracresta Me autorespondo por si a alguien le puede ayudar. Ya lo he solucionado. El problema era la versión del hiscore.dat, le puse una demasiado actual y no funcionaba. Con un hiscore.dat del año 2016 funciona sin problema copiándolo a la carpeta "\RECALBOX\share\bios\mame2003-plus".
Un saludo!