@shisha tu peux redésactiver le controleur GPIO car ça n'a aucun rapport avec le Lioncast que tu as branché en USB a priori...
Pour les commandes spéciales elles sont listées dans la doc : sortir d'un jeu étant en particulier hotkey+start donc bon si tu as configuré ton controleur par l'interface d'Emulation Station tu devrais n'avoir aucun souci...
Partie IV B olus précisement
Par ailleurs contrirement à ce que tu dis il n'y a pas de commande spéciale de pause dans Recalbox donc on dirait que tu as mappé ton start sur le bouton qui met la pause. L3 correspond donc vraisemblblement à Strt, non à Hotkey
Bref refait ta configuration de joystick oarce que c'est tout mélangé
Enfin si tu éteins ton Pi en mode brutal ça va finir par corrompre ta SD et il ne démarrera plus, il te faudra réinstaller Recalbox