@starbury Allora avevi ragione, dopo in effetti aver messo "dispmanx" al posto di "gl" alcuni giochi (per esempio super contra e 1941) si presentava il problema della rotazione a 90° dello schermo. Ho fatto un sacco di test e non sono riuscito a risolvere la situazione lasciando "dispmanx" come driver video.
L'unico sistema è stato quello di creare una config a parte solo per quei due giochi, dove li forzavo ad usare il driver "gl" e girare lo schermo a 270° (che sarebbe il grado corretto per visualizzare il gioco in verticale).

E' sufficiente creare un file nella cartella:
/recalbox/share/system/.config/retroarch/config/mame2003

e il file deve avere lo stesso nome della roms ma con l'estensione ".cfg". In questo caso ho Super Contra che ha la roms nominata in "scontra.zip". Ho creato il file "scontra.cfg" e dentro ci ho messo queste impostazioni:

video_driver = "gl"
video_rotation = "3"

In questo modo quando avvio il gioco mi carica sempre il file:
/recalbox/share/system/configs/retroarch/retroarchcustom.cfg

con le impostazioni globali (e quindi come driver video ho impostato il "dispmanx"). Ma avendo creato quel file "scontra.cfg", va a sovrascrivere le impostazioni del file originale. In questo modo per ogni gioco gli puoi assegnare dei parametri personalizzati.
Per fortura Super Contra e 1941 non danno sembra problemi di input lag con il driver "gl".

PS: nel parametro video_rotation i valori corrispondono ai seguenti gradi:
1 = 90°
2= 180°
3= 270°