Parece que los que me estan dando problemas son las roms europeas. He probado las versiones USA y van a velocidad normal.
Sin ir mas lejos, en el propio emulador online de emuparadise, también ocurre así, por ejemplo con Super Mario Bros.: la versión europea va acelerada, mientras que la americana va bien. Es como si el emulador tomase la rom europea, que va a 50Hz, y la ejecutase a 60Hz, provocanco así esa aceleración.
Otros sistemas como por ejemplo SNES si que ejecutan la rom a su correspondiente velocidad dependiendo de su región.

Pues nada, creo que ya está solucionado el tema; ahora me queda investigar si hay manera de hacer que el emulador de NES se ejecute a su velocidad correspondiente, o me toca cambiar todas las roms por sus versiones americanas 🙂

Saludos!!