J'ai réussi ! Après d'autres essais, je confirme que ntfs-3g dans le fstab ne fonctionne pas, tout comme le mount -t ntfs-3g. Il faut bien passer par la commande ntfs-3g qui n'accepte pas l'uuid en argument ...

J'ai donc bidouillé ces 2 lignes qui fonctionnent :

ntfs-3g $(blkid | grep 1ADC8962DC893951 | cut -d":" -f1) /media/usb0/ ntfs-3g $(blkid | grep CABE28BABE28A0C5 | cut -d":" -f1) /media/usb1/

Que j'ai mises dans le fichier suivant (à créer) : /etc/init.d/S13mountHDD
Remplacer bien évidemment 1ADC8962DC893951 et CABE28BABE28A0C5 par les UUID de vos disques durs (les obtenir en tapant blkid) et remplacer /media/usbX/ par le point de montage désiré.
Et faire un petit

chmod u+x /etc/init.d/S13mountHDD

et voilà !

EDIT : il y a interférence entre mon script au démarrage et le montage automatique du PI il me semble (constaté après quelques reboots). Pour éviter que le PI ne monte automatiquement les HDD avant le script, modifier le fichier fstab (/etc/fstab) et rajouter les lignes suivantes :

UUID="1ADC8962DC893951" /media/usb0 ntfs-3g defaults 0 0 UUID="CABE28BABE28A0C5" /media/usb1 ntfs-3g defaults 0 0

Le montage automatique ne marchera pas (alors que ça devrait ...) ce qui laissera place au script pour monter correctement vos HDD.