@zing na verdade é possível, tanto que consegui, porém, ter a rom na pasta do sistema original e na pasta de coleções se torna meio redundante devido aos saves separados, mesmo levando em conta a conveniência de ter um sistema com todos os jogos de determinada franquia.

Espero que eles adicionem a função de coleções customizadas como o retropie e batocera possuem.