@defiant, disculpa, no he estado por aquí los últimos días.
Bien que hayas resuelto lo del config, por la imagen que pegas parece que sea una partición de recovery del propio noobs y no la partición de arranque (boot), que en principio debiera ser la única accesible desde un windows, puede que haya alguna modificación en la instalación que usas o que haya habido algún cambio en noobs que yo desconozca.

En cuanto a la pantalla que mencionas de shift, es noobs quien la visualiza, para eliminarla deberás realizar una instalación limpia de Recalbox partiendo de una iso/img que poder grabar en una sd. Si mal no me equivoco esto no vas a poder hacerlo hasta que liberen la versión estable de recalbox 4.1 ya que actualmente los servidores donde se pueden descargar la img de recalbox están siendo preparados para cuando s e libere 4.1 stable.

Podrás encontrar que en Github, Recalbox si esta disponible para descarga en su versión 4.0.1 pero desde github lo que tienes es un instalador de recalbox a través de noobs por lo que este es lo mismo que ya tienes y no eilimina la pantalla que mencionas.

Así que mucho me temo que para poder librarte de noobs vas a tener que esperar la próxima release.