@Pepe gracias por responder, lo que pasó es que dio al botón R2 le salió el menú y entro accidentalmente en remapear los botones y justo pulso para remapear ese menú y no pulso más botones, por lo que se quedo sin asignar.
He probado a borrar ese cfg de la dirección que me has dicho y no se genera, es más he borrado todos los cfg y no genera nada. He lanzado varios juegos e incluso he cambiado el core a la otra versión anterior a mame 0.78. Lo he vuelto a poner y reiniciado la Raspberry y todo sigue igual.
En la configuración de hotkey + B aparece el mapeo de botones pero no ese menú por lo que no puedo asignar un botón a ese menú.