@Scavy Salut!
J'ai bien progressé sur la résolution de mon problème. En tout cas sur la configuration avec SSD, qui est celle que je privilégiais au départ.
Pour rappel, tout fonctionnait bien sur cette configuration (manette BT, ROMs, Nespi 4, etc) sauf le son des ROMs qui était affreusement saccadé.
Après beaucoup de réinstallations et d'essais divers, il se trouve que le problème de son n'existe que lorsque l'option Pixel Parfait est sur OFF...
Du coup je suis obligé d'avoir les jeux en résolution originale (pas de plein écran...) mais au moins le son est correct. Peut-être qu'une future mise à jour règlera ça.
En tout cas @Scavy , merci de t'être intéressé à mon problème!