Gracias por la recomendacion, pero hice pruebas guardando la conf en el dd donde estan los juegos y otra prueba guardando en la SD de la rp4, y ambos paso lo mismo

En el Emulador Mupen64Plus GlESS2, entro a:
Ajustes -> Entrada -> y configuro mi control n64 usb
luego voy a:
Menu rapido -> Controles -> Guardar reasignacion para el nucleo -> y guarda la configuracion
pero cuando reinicio el retroarch no aparecen guardados los cambios, y tengo que volver a configurar todo.

Que estoy haciendo mal?