Finalmente ese era el problema..tenía que reiniciar o apagar el sistema para que se me guardaran correctamente los cambios.
Muchas gracias!!

Marco como favoritos algunos juegos y al reiniciar recalbox no se me quedan guardados.
Tampoco me guarda las caratulas nuevas que escrapeo al reiniciar.
Se puede arreglar sin tener que reinstalar recalbox?