Você já verificou se possui todas as BIOS necessárias para rodar os jogos? Quais sistemas está com dificuldade para rodar? Neogeo é necessário a BIOS estar na mesma pasta que as roms para rodar corretamente.
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@Alan... Na verdade o Recalbox é um sistema operacional baseado no Linux Raspbian, que integra o frontend EmulationStation (interface gráfica) com o Retroarch (sistema com vários núcleos de emulação), além de vários outros componentes para que tudo funcione perfeitamente bem e tenha uma grande compatibilidade com vários dispositivos. Resumindo e respondendo sua pergunta: Quem faz o trabalho de rodar os jogos é o Retroarch e seus núcleos de emulação. Caso tenha alguma dúvida, procure ler mais a respeito do Retroarch e como ele funciona. Abraço.