Amigo, compruebe con atención, si usted soldó los hilos en los botones idénticos en las posiciones en los 2 joystics.
Hay un mapeo interno a través de hardware que si no es exactamente igual en los dos controladores, se convierte en un lío.
Experiencia propia.

Não sei se mais alguem percebeu um problema que ocorre no mapeamento de botoes somente no fba_libretro core mame0139 que roda jogos como Street Fight Alpha 2, 3 etc etc no Batocera 5.6 5.7 e 5.8.
Um dos joysticks usb deixa de funcionar 2 botoes, somente na versão para pc x86 ou 64.
Deixa de funcionar o botão A e o L1 somente de um player, e se inverter, para o outro. Testei varios controles genericos e originais, ps3 e ps4 usb.
Testando os mesmo Joys em placa raspberry, funciona perfeitamente.
Entrando em um jogo que usa o emulador padrao do mame que é o core mame078 tipo o Street Fighter II, funciona perfeitamente