Me autorrespondo, aparece ser que el problema venia de un cable cambiado de posición en el usb, he puesto los dos iguales soltando primero los cables para comprobar la correcta dirección y se ha solucionado.
A ver si le sirve también a algún compañero.

Me pasa exactamente lo mismo, yo compré este kit: https://www.amazon.es/gp/product/B01LAUYOJQ/ref=od_aui_detailpages00?ie=UTF8&psc=1
Configuras los mandos y con el primero que juegues va perfecto, da lo mismo que se el P1 o el P2, una vez que activas un segundo jugador, ese nuevo jugador pierde la configuración y cuando bajas hacia abajo se va a la derecha y viceversa.
Ya no se que hacer.