No me he metido mucho en este tema, de seguro habrá una forma mejor de hacerlo pero por lo pronto, lo que hice debido a que tuve que cambiar SD muy rápido por cuestiones técnicas y por falta de tiempo en probar e investigar es lo siguiente:

1-. Respalda las carpetas de consolas donde tengas roms.

2-. Respalda las carpetas de tus temas "/recalbox/share/system/.emulationstation/themes/" (La carpeta .emulationstation está oculta)

3-. Respalda tu recalbox.conf y también las carpetas "/recalbox/share/system/.config" y "/recalbox/share/system/configs" (Recuerda que la carpeta .config está oculta)

De esta manera, en cualquier SD donde instales un recalbox limpio de la misma versión que de la que respaldaste tus carpetas y archivos podrás copiar esto y no tendrás que estar configurando de nuevo cada cosa.

Te digo, esto lo hice por falta de tiempo pero me funcionó, sobretodo evitar el scraper que es (creo yo) lo más laborioso. Si quieres instalar otra versión y tener tus mismos juegos y temas, entonces solo copia las carpetas de roms y la de temas, pero tendrás que configurar nuevamente los controles, overlays, y configuraciones de sistema como WIFI, etc.

Espero te sirva, saludos!