Salut.
Normalement, tes favoris seront conservés.
J'ai déjà fait plusieurs réinstallations propres de ma Recalbox, et je ne me suis jamais soucié de mes favoris.
Ils sont en effet définis dans les fichiers gamelist présents dans chaque dossier de roms, donc si tu fais bien un backup de tes roms, tu les retrouveras comme auparavant 😉